फिल्म वहीं से शुरू होती है जहां भाग 1 खत्म हुआ था। जब गॉडज़िला ने दो प्राणियों को मार डाला। उस घटना को पांच साल बीत चुके थे. हम एम्मा नाम की एक महिला को देखते हैं। उसकी एक बेटी थी. वह उस संस्था के साथ काम कर रही थी. जिसका मकसद इन जीवों को ढूंढना था. उनका घर जंगल के बीच में था. अचानक उनके घर के पास धमाका हो जाता है. मां-बेटी दोनों डर गईं और संस्था के पास गईं। वे देखते हैं कि इस जीव ने दुनिया में कदम रख दिया है, यानी अभी-अभी इसका जन्म हुआ है। जैसे ही वह अपने आस-पास सभी लोगों को देखती है तो घबरा जाती है। यह उन पर हमला करना शुरू कर देता है. एम्मा के पास एक ऐसा उपकरण था जो उसके गुस्से को शांत कर सकता था। वास्तव में, डिवाइस ने प्राणी के चारों ओर आवृत्ति कम कर दी। जब वह इस जीव को उपकरण देती है तो वह पूरी तरह से शांत हो जाती है। वे इस सफलता से खुश थे. लेकिन तभी एलन नाम का एक शख्स वहां आता है. वह यह उपकरण पाना चाहता था। इसलिए वह एम्मा और उसकी बेटी को लेकर भाग जाता है। उनका मानना है कि इंसानों ने इस पृथ्वी ग्रह की देखभाल नहीं की। उन्होंने प्रकृति से छेड़छाड़ की. वह प्राणियों को वापस लाना चाहता था। वह उन्हें इस संगठन की दूसरी शाखा में ले जाता है। जहां एमा संगठन के खिलाफ बैठक की गई. इस संगठन के अन्य वैज्ञानिक भी वहां थे. वे प्रकृति की रक्षा करना चाहते थे। एक डॉक्टर को पता चलता है कि एम्मा और उसकी बेटी को यहां लाया गया है। यह सुनकर वह एम्मा के पूर्व पति के पास जाता है। वह उस उपकरण के आविष्कारक थे। डॉक्टर उसे अपना मिशन बताता है। लेकिन वह इसे स्वीकार नहीं करता. फिर वह उससे कहता है कि यह उसके परिवार को वापस ला सकता है। काफी जिद करने के बाद वह राजी हो जाता है। फिर वो समुद्र के अंदर अपने कंट्रोल रूम में चले जाते हैं. जहाँ इस संस्था की शाखा थी, वहाँ उन्होंने एक प्राणी को फँसा दिया। आप इस प्राणी को फँसाने के लिए यहाँ आये थे। फिर वे गॉडज़िला को खोजने की कोशिश करते हैं। लेकिन जब वे गॉडज़िला की खोज करते हैं तो उन्हें कोई संकेत नहीं मिलता है। अचानक आवृत्ति बढ़ जाती है. ऐसा लग रहा था कि गॉडज़िला बहुत करीब है और गुस्से में है। हर कोई डर जाता है और फिर हमें गॉडज़िला दिखाई देता है। वह अब समुद्र में था और उनकी ओर बढ़ रहा था। वह वहां का शीशा तोड़ने लगता है. दरअसल, वह समुद्र के रास्ते हर देश की यात्रा करते थे। जब उसे वहां किसी खतरनाक जीव का आभास हुआ। अब वह उस जीव को ढूंढने के लिए अंटार्कटिका जाता है। वे वहां जाने के पीछे उनके उद्देश्य को भी स्वीकार करते हैं। वह वहां क्यों जाना चाहता है? इसलिए, वे उसका पीछा करते हैं। जैसे ही वह वहां पहुंचता है, हम देखते हैं कि वहां एक बहुत बड़ा अजगर है। वह तीन सिर वाला था जिसे राजा गिधोरा के नाम से जाना जाता था। इस संगठन ने उन्हें अभी तक मौत की नींद सुला दिया था और उन्हें निष्क्रिय कर दिया गया था. गॉडज़िला उनके प्रतिद्वंद्वी थे। गॉडज़िला अक्सर उससे लड़ने के लिए यहाँ आता था। जब डॉक्टर एम्मा को बचाने जाता है, तो वह यह देखकर आश्चर्यचकित हो जाता है कि वह एलन के पक्ष में है। वह उस अजगर को जगाने की योजना बनाकर यहां आई थी। वह उनके साथ जाने से इंकार कर देती है. वह जाते-जाते उस अजगर का शीशा तोड़ देती है. वह अब सक्रिय हो चुका था और पूरी तरह से बाहर था। गॉडज़िला इस पल का इंतज़ार कर रहा था ताकि वह उससे लड़ सके। वे दोनों खूब झगड़ते हैं. फिर वह राक्षस गोज़िला पर हमला करता है और अन्य लोगों की ओर बढ़ता है। जब एम्मा यह देखती है, तो वह डर जाती है कि चीजें इस तरह गलत हो जाएंगी। वह उपकरण चालू करती है और उस राक्षस को ठंडा कर देती है। इसलिए। वह राक्षस किसी को हानि नहीं पहुँचाता। फिर एम्मा एलन के साथ चली जाती है। उधर वो लोग वहां से निकल जाते हैं. संगठन के लोग उस राक्षस को मारने के लिए उसके पीछे पड़े थे। लेकिन तभी एम्मा उन्हें वीडियो कॉल करती है. वह विरोधियों से जुड़ने के पीछे की वजह बताती हैं. तुम लोग मेरे साथ के पात्र नहीं थे। आप प्रकृति और प्राणियों को नष्ट करते हैं। मैं एक-एक करके प्रत्येक प्राणी को मुक्त कर दूँगा। तुमने इस दुनिया के साथ गलत किया। ये जीव हमारी मदद कर सकते हैं। क्योंकि उनके शरीर में रेडिएशन होते हैं. वे उनके बीच से गुजरते हुए पृथ्वी को पुनर्स्थापित कर सकते हैं। संगठन के लोग कहते हैं कि वे इंसानों को मारना चाहते हैं, फिर आप उन्हें अपना साथी कैसे मानते हैं? वह कहती है कि तुम गलत हो! हम सदियों से साथ रह रहे थे. सब कुछ संतुलन में था. हमने उन्हें कुछ नहीं कहा, उन्होंने हमें कुछ नहीं कहा, हमने उनका ख्याल रखा। उन्होंने तुम्हारे साथ बुरा किया तो क्या तुम चाहते हो कि वे अपनी रक्षा किये बिना चुपचाप बैठे रहें? वह उन्हें आज़ाद कराने की प्रतिज्ञा करती है। और फिर वह कॉल काट देती है. जैसा कि उसने कहा था कि वे सभी प्राणियों को आज़ाद कर देंगे, इसलिए वह अपने मिशन के लिए निकल पड़ी।
फिल्म वहीं से शुरू होती है जहां भाग 1 खत्म हुआ था। जब गॉडज़िला ने दो प्राणियों को मार डाला। उस घटना को पांच साल बीत चुके थे. हम एम्मा नाम की एक महिला को देखते हैं। उसकी एक बेटी थी. वह उस संस्था के साथ काम कर रही थी. जिसका मकसद इन जीवों को ढूंढना था. उनका घर जंगल के बीच में था. अचानक उनके घर के पास धमाका हो जाता है. मां-बेटी दोनों डर गईं और संस्था के पास गईं। वे देखते हैं कि इस जीव ने दुनिया में कदम रख दिया है, यानी अभी-अभी इसका जन्म हुआ है। जैसे ही वह अपने आस-पास सभी लोगों को देखती है तो घबरा जाती है। यह उन पर हमला करना शुरू कर देता है. एम्मा के पास एक ऐसा उपकरण था जो उसके गुस्से को शांत कर सकता था। वास्तव में, डिवाइस ने प्राणी के चारों ओर आवृत्ति कम कर दी। जब वह इस जीव को उपकरण देती है तो वह पूरी तरह से शांत हो जाती है। वे इस सफलता से खुश थे. लेकिन तभी एलन नाम का एक शख्स वहां आता है. वह यह उपकरण पाना चाहता था। इसलिए वह एम्मा और उसकी बेटी को लेकर भाग जाता है। उनका मानना है कि इंसानों ने इस पृथ्वी ग्रह की देखभाल नहीं की। उन्होंने प्रकृति से छेड़छाड़ की. वह प्राणियों को वापस लाना चाहता था। वह उन्हें इस संगठन की दूसरी शाखा में ले जाता है। जहां एमा संगठन के खिलाफ बैठक की गई. इस संगठन के अन्य वैज्ञानिक भी वहां थे. वे प्रकृति की रक्षा करना चाहते थे। एक डॉक्टर को पता चलता है कि एम्मा और उसकी बेटी को यहां लाया गया है। यह सुनकर वह एम्मा के पूर्व पति के पास जाता है। वह उस उपकरण के आविष्कारक थे। डॉक्टर उसे अपना मिशन बताता है। लेकिन वह इसे स्वीकार नहीं करता. फिर वह उससे कहता है कि यह उसके परिवार को वापस ला सकता है। काफी जिद करने के बाद वह राजी हो जाता है। फिर वो समुद्र के अंदर अपने कंट्रोल रूम में चले जाते हैं. जहाँ इस संस्था की शाखा थी, वहाँ उन्होंने एक प्राणी को फँसा दिया। आप इस प्राणी को फँसाने के लिए यहाँ आये थे। फिर वे गॉडज़िला को खोजने की कोशिश करते हैं। लेकिन जब वे गॉडज़िला की खोज करते हैं तो उन्हें कोई संकेत नहीं मिलता है। अचानक आवृत्ति बढ़ जाती है. ऐसा लग रहा था कि गॉडज़िला बहुत करीब है और गुस्से में है। हर कोई डर जाता है और फिर हमें गॉडज़िला दिखाई देता है। वह अब समुद्र में था और उनकी ओर बढ़ रहा था। वह वहां का शीशा तोड़ने लगता है. दरअसल, वह समुद्र के रास्ते हर देश की यात्रा करते थे। जब उसे वहां किसी खतरनाक जीव का आभास हुआ। अब वह उस जीव को ढूंढने के लिए अंटार्कटिका जाता है। वे वहां जाने के पीछे उनके उद्देश्य को भी स्वीकार करते हैं। वह वहां क्यों जाना चाहता है? इसलिए, वे उसका पीछा करते हैं। जैसे ही वह वहां पहुंचता है, हम देखते हैं कि वहां एक बहुत बड़ा अजगर है। वह तीन सिर वाला था जिसे राजा गिधोरा के नाम से जाना जाता था। इस संगठन ने उन्हें अभी तक मौत की नींद सुला दिया था और उन्हें निष्क्रिय कर दिया गया था. गॉडज़िला उनके प्रतिद्वंद्वी थे। गॉडज़िला अक्सर उससे लड़ने के लिए यहाँ आता था। जब डॉक्टर एम्मा को बचाने जाता है, तो वह यह देखकर आश्चर्यचकित हो जाता है कि वह एलन के पक्ष में है। वह उस अजगर को जगाने की योजना बनाकर यहां आई थी। वह उनके साथ जाने से इंकार कर देती है. वह जाते-जाते उस अजगर का शीशा तोड़ देती है. वह अब सक्रिय हो चुका था और पूरी तरह से बाहर था। गॉडज़िला इस पल का इंतज़ार कर रहा था ताकि वह उससे लड़ सके। वे दोनों खूब झगड़ते हैं. फिर वह राक्षस गोज़िला पर हमला करता है और अन्य लोगों की ओर बढ़ता है। जब एम्मा यह देखती है, तो वह डर जाती है कि चीजें इस तरह गलत हो जाएंगी। वह उपकरण चालू करती है और उस राक्षस को ठंडा कर देती है। इसलिए। वह राक्षस किसी को हानि नहीं पहुँचाता। फिर एम्मा एलन के साथ चली जाती है। उधर वो लोग वहां से निकल जाते हैं. संगठन के लोग उस राक्षस को मारने के लिए उसके पीछे पड़े थे। लेकिन तभी एम्मा उन्हें वीडियो कॉल करती है. वह विरोधियों से जुड़ने के पीछे की वजह बताती हैं. तुम लोग मेरे साथ के पात्र नहीं थे। आप प्रकृति और प्राणियों को नष्ट करते हैं। मैं एक-एक करके प्रत्येक प्राणी को मुक्त कर दूँगा। तुमने इस दुनिया के साथ गलत किया। ये जीव हमारी मदद कर सकते हैं। क्योंकि उनके शरीर में रेडिएशन होते हैं. वे उनके बीच से गुजरते हुए पृथ्वी को पुनर्स्थापित कर सकते हैं। संगठन के लोग कहते हैं कि वे इंसानों को मारना चाहते हैं, फिर आप उन्हें अपना साथी कैसे मानते हैं? वह कहती है कि तुम गलत हो! हम सदियों से साथ रह रहे थे. सब कुछ संतुलन में था. हमने उन्हें कुछ नहीं कहा, उन्होंने हमें कुछ नहीं कहा, हमने उनका ख्याल रखा। उन्होंने तुम्हारे साथ बुरा किया तो क्या तुम चाहते हो कि वे अपनी रक्षा किये बिना चुपचाप बैठे रहें? वह उन्हें आज़ाद कराने की प्रतिज्ञा करती है। और फिर वह कॉल काट देती है. जैसा कि उसने कहा था कि वे सभी प्राणियों को आज़ाद कर देंगे, इसलिए वह अपने मिशन के लिए निकल पड़ी।
अब एम्मा अन्य प्राणियों को ठंडा करने के लिए अपना उपकरण लाती है। लेकिन वह जीव उसके पीछे भागने लगता है. संगठन और सेना के लोग चले गये थे. किंग मॉन्स्टर एम्मा को मारने वाला था। गॉडज़िला उसके साथ प्रतिस्पर्धा करना शुरू कर देता है लेकिन किंग मॉन्स्टर उस पर आग उगलना शुरू कर देता है। गॉडज़िला जानता था कि उसकी ऊर्जा का स्तर भरा हुआ है और वह उसे आसानी से हरा सकता है। अंत में, वह उस पर प्रहार करता है और वह मर जाता है। अब सब कुछ शांति में था. फिर हम सभी प्राणियों को गॉडज़िला के सामने झुकते हुए देखते हैं। क्योंकि आख़िरकार अब वही यहाँ का राजा था। फिल्म यहीं ख़त्म होती है. देखने के लिए धन्यवाद! :)