फिल्म की शुरुआत में पिछले कुछ सालों की घटनाओं को दिखाया गया है. कुछ मजदूर एक खदान में काम करते नजर आ रहे हैं और एक डॉक्टर उनकी निगरानी कर रहा है. वह आदमी डॉक्टर को बताता है कि कर्मचारियों को काम के दौरान रेडिएशन का पता चला है। इससे वे उत्तेजित हो जाते हैं, क्योंकि उनका मानना है कि यह यूरेनियम है, और वे क्षेत्र में बड़ी मशीनरी लाते हैं। जैसे-जैसे वे काम करते हैं, ज़मीन धूल में तब्दील होने लगती है, और डॉक्टर अपनी टीम को नवनिर्मित गुफा में ले जाता है। वे अपना काम शुरू करते हैं, और डॉक्टर अपनी टीम के साथ भूमिगत गुफा में चले जाते हैं। धूल को गुफा में फेंक दिया जाता है, और टीम अपना काम जारी रखती है। डॉक्टर अपनी टीम को खोजबीन के लिए गुफा में आगे ले जाता है। उन्हें एक जानवर के विशाल कंकाल की झलक मिलती है। इस पर विचार करने पर डॉक्टर को पता चला कि यह कोई कंकाल नहीं बल्कि एक विशालकाय जानवर है। जो वहीं सो रहा था. और वह प्रकाश की किरण से जागृत हो गया। फिर दिखाया जाता है कि जानवर गुफा से निकलकर समुद्र की ओर चला गया था. उधर, जापान का एक वैज्ञानिक मौके पर आता है जो कॉल के जरिए किसी से बात कर रहा था. वह भूकंप यहां उस स्थान से महसूस किया जा रहा है जहां वह जानवर दिखाई दिया था। वहां उनका न्यूक्लियर पावर प्लांट है. उनका कहना है, अगर यह परमाणु संयंत्र जारी रहा तो मुझे इसे बंद करना पड़ेगा। तभी उसकी पत्नी वहां आ जाती है और वह अपने बेटे जिसका नाम फोर्ड है और पत्नी के साथ चला जाता है। उन्होंने अपनी पत्नी से कहा, भूकंप के बाद के झटके विनाशकारी लग रहे हैं। तो आप उस समय तक मेरी टीम के साथ मेरे परमाणु ऊर्जा संयंत्र में रहेंगे। फिर उसी वैज्ञानिक को एक प्रयोगशाला में दिखाया जाता है. जो भूकंप के झटकों की लोकेशन का पता लगा रहा था. लेकिन किसी को कुछ नहीं मिल रहा था. फिर वह सभी मशीनरी को बंद करने का आदेश देता है। क्योंकि हमें पता ही नहीं चलता कि कौन सी चीज झटका दे रही है. हो सकता है कि वे हमें नुकसान न पहुंचाएं. वहां एक बार फिर भूकंप आता है. वहीं वैज्ञानिक की पत्नी भी वहां पहुंच जाती है. वह वहां से भागने लगती है. फिर केबिन में विस्फोट के साथ जहरीली गैस फैल जाती है. वैज्ञानिक अपनी पत्नी की जान बचाने के लिए आगे बढ़ता है। लेकिन तब तक बहुत देर हो चुकी थी और जहरीली गैस तेजी से पूरे केबिन में फैलने लगी थी. उसकी पत्नी उससे कहती है, इससे पहले कि वह वहाँ पहुँचे, दरवाज़ा बंद कर लो! और वैज्ञानिक को अनिच्छा से दरवाज़ा बंद करना पड़ता है। बाद में, वह उदास हो गया क्योंकि उसकी पत्नी अंदर रह गई थी। उसकी पत्नी उससे कहती है, हमारे बेटे "फोर्ड" का ख्याल रखना। और विकिरण के कारण पूरा परमाणु ऊर्जा संयंत्र नष्ट हो जाता है। फोर्ड भी अपने स्कूल से यह देख रहा था। पन्द्रह वर्ष बाद अब फोर्ड को सिपाही का पद मिल गया था। कुछ महीनों की ट्रेनिंग के बाद वह अपने घर लौट आये थे. वह अब शादीशुदा था। उनकी पत्नी को फोन आता है कि फोर्ड के पिता को पुलिस ने गिरफ्तार कर लिया है। फोर्ट अपने पिता से नफरत करता था. क्योंकि, उसे लगता था कि उसकी माँ की मृत्यु उसके पिता के कारण हुई है। लेकिन वह अपनी पत्नी के कहने पर उससे मिलने जाता है। और वह वहां जाकर अपने पिता को पुलिस की गिरफ्त से छुड़ा लेता है. तब दोनों घर में लौट आए, और उसके पिता ने उस से कहा, हे मेरे पुत्र! यह कोई दुर्घटना नहीं थी बल्कि इसका कारण विकिरण थे। और वही विकिरण अब भी एक बार फिर महसूस किये जा रहे हैं। और उन्हें उस जगह पर जाने के कारण गिरफ्तार कर लिया गया जिस पर पुलिस ने प्रतिबंध लगा रखा था. वह बताते हैं कि मेरे दोस्त ने भी आवाजें भांप ली हैं। इसका मतलब है कि वहां से अजीब सी आवाजें सुनाई देती हैं. मुझे वहां जाकर जांच करनी होगी.' मुझे यह साबित करना है कि उस दिन परमाणु संयंत्र में हुआ विस्फोट महज एक दुर्घटना नहीं थी. फिर फोर्ड भी अपने पिता के साथ वहां जाता है. अब उन्हें ध्यान आया कि वहां कोई जहरीली गैसें या विकिरण नहीं थे। पुलिस दोबारा वहां आकर दोनों को गिरफ्तार कर ले जाती है। और डॉक्टर भी वहीं है जिसे फिल्म की शुरुआत में दिखाया गया था. वे सभी वैज्ञानिक से पूछते हैं, आपके बार-बार वहां आने का कारण क्या है? वैज्ञानिक यह बताना शुरू करता है कि वह क्या करना चाहता था। डॉक्टर हैरान रह गया क्योंकि उसे भी ज्यादा जानकारी नहीं थी. वे वहां एक सबसे बड़ी चट्टान जैसी वस्तु पर प्रयोग कर रहे थे। अचानक वह चट्टान हिलने लगती है और उसमें विद्युत् निर्वहन उत्पन्न हो जाता है। वह चट्टान टूट जाती है और वहां से एक विशालकाय जीव प्रकट हो जाता है। यह विकराल था और बिजली गिराते हुए लोगों पर हमला कर रहा था। फिर दिखाया जाता है, वह जानवर परमाणु संयंत्र से खुद को मुक्त करते हुए आता है। यह वहां से उड़ जाता है.
अगले दिन, कैप्टन पास आता है और डॉक्टर को अपने साथ आने के लिए कहता है। डॉक्टर फोर्ड और वैज्ञानिक को भी अपने साथ ले जाता है। लेकिन इस घटना में वैज्ञानिक बुरी तरह घायल हो गये. वहां जाकर उनके सिर से पता चलता है, यह कोई साधारण प्राणी नहीं है! पृथ्वी के विकिरण में कमी के साथ यह समुद्र की गहराई में चला गया। ताकि वह वहां से अपनी ऊर्जा बहाल कर सके. वे बताते हैं कि हमारी कंपनी भी इसे खोजने के लिए बनी थी. यह आज भी जीवित है और इसका नाम "गॉडज़िला" है। यह घटना इसी जानवर के कारण हुई थी जिसे लोग भूकंप मान रहे थे। और वह चलते-चलते जापान के परमाणु संयंत्र में आ गया। क्योंकि उसे ऐसी जगह की जरूरत थी जहां उसे एक समय में ज्यादा ऊर्जा मिल सके। इससे प्रतीत होता है कि वैज्ञानिक वहां मर चुका है। और वे सभी चिंतित हो जाते हैं. चूँकि आज उसकी मरने की बारी है, और आने वाले दिन में किसी अन्य व्यक्ति का भी अंत हो सकता है। तुरंत ही हेड को कॉल के माध्यम से सूचना दी गई कि समुद्र रहस्यमय विकिरण उत्सर्जित कर रहा है। उन्हें पता चल जाता है कि वहां जीव मौजूद है. और वह जीव ऊर्जा पाने के लिए परमाणु बम निगल रहा था। लेकिन उन्हें वहां कुछ और भी एहसास हो रहा था. कुछ लोगों को वहां भेजा गया जिन्होंने देखा कि समुद्र से एक राक्षसी जानवर निकल रहा है। दरअसल, ये वही खतरनाक जीव था जो शहर में घुस आया था. और सब लोग उस से बहुत डर गए। तभी मौके पर "गॉडज़िला" भी आ जाती है जो ज़ोर-ज़ोर से चिल्ला रही थी। अगले दिन समाचार प्रसारित हुआ कि वह प्राणी "गॉडज़िला" से डरकर भाग गया। अब वह खतरनाक जीव समुद्र में जाकर और भी जानवरों को अपने साथ जोड़ रहा था। डॉक्टर की टीम के सदस्य का खुलासा, कुछ समय पहले हमें मिले थे दो अंडे! अंडे से निकला हुआ एक जानवर जापान के परमाणु संयंत्र में चला गया था. और हम नहीं जानते कि दूसरे अंडे का क्या हुआ। इसे एक जगह सुरक्षित रख दिया गया. जब कुछ लोगों को जाँच के लिए भेजा जाता है, तो वे गवाही देते हैं, वह जानवर अंडे सेने के बाद कहीं चला गया था। मालूम हुआ, यह अंडा उसी खतरनाक जीव का है। वह रचित होकर दूसरे नगर में जाकर उत्पात मचा रहा था। पुलिस इन दोनों प्राणियों से पूछताछ शुरू करती है। फिर दिखाया जाता है कि डॉक्टर किसी दूसरे जीव की फुटेज देख रहा है. यहाँ उन्होंने देखा, यह जीव पंखहीन है! जैसे किसी अन्य प्राणी के पंख थे। जांच करते समय उन्हें पता चला कि यह मादा जानवर है जबकि पहला नर था। सैनिक होने के नाते, फोर्ड को सेना के साथ हर जगह दौरे के लिए भेजा जाता है। ताकि वह उन प्राणियों को रोक सके. इसके विपरीत कैप्टन बताते हैं, वे जीव तबाही मचा रहे हैं। फिर हेड उससे कहता है, हमें उन्हें घातक परमाणु बम से विस्फोट करना होगा। फिर कैप्टन कहते हैं, इससे उन्हें फायदा मिलेगा! क्योंकि उनके लिए परमाणु ऊर्जा की आवश्यकता होती है. और इससे वे मजबूत होंगे. मुखिया कहते हैं, इसके अलावा हम कर भी क्या सकते हैं? जोखिम उठाया जाएगा. ये दोनों जीव अपनी ऊर्जा को पुनः स्थापित करने के लिए समुद्र में जाकर उनमें विकिरण भर रहे थे। क्योंकि समुद्र की गहराई ही उन्हें विकिरण प्रदान करने का स्रोत थी। दूसरी तरफ, "गॉडज़िला" उन्हें मौत के घाट उतारने आ रहा था। इसलिए वे परमाणु बम अपने पास रखकर उस समुद्र की ओर कदम बढ़ाते हैं। फोर्ड की नजर भी उन पर थी. उन्होंने उस बम को एक नाव में रखा था. नर जीव उस नाव पर हमला करता है और उस परमाणु बम को लेकर चला जाता है। अब दोनों प्राणी उस परमाणु बम को अपने कब्जे में लेकर चले गये थे। क्योंकि उन्हें अपनी ऊर्जा का महान स्रोत मिल गया था। सेना और मुखिया की योजना पूरी तरह से औंधे मुंह गिर गई. वे सोचते हैं, वे फलदायी परिणाम देने में असमर्थ हैं! तो "गॉडज़िला" हमारे जीवन को सुरक्षित कर सकता है। फिर दिखाया गया, वे जीव नगर में बड़ा उत्पात मचा रहे थे। सौभाग्य से, "गॉडज़िला" भी वहाँ दिखाई देता है। मिलिट्री भी थी वहां. फिर दिखाया जाता है, कि "गॉडज़िला" उस जीव का सामना करता है और उनके बीच लड़ाई शुरू हो जाती है। वे राक्षसी थे और लड़ते समय कई चीज़ों को नुकसान पहुँचा रहे थे। सभी पीछे हट जाएं. वहाँ केवल नर प्राणी था। इसलिए "गॉडज़िला" बिना किसी कठिनाई के उससे लड़ रहा था। यह नर प्राणी को मारने वाला है। तभी पीछे से आकर मादा जीव उस पर हमला कर देती है. अब "गॉडज़िला" अकेले ही उन दोनों से लड़ रहा था। "गॉडज़िला" द्वारा उन दोनों को मारना कठिन होता जा रहा था।
दूसरी ओर, यह दिखाया गया है कि सैन्य अधिकारियों को भूमिगत घोंसले में कई अंडे मिलते हैं। जिन्हें मादा प्राणी ने बिछाया था. और उनकी हार "गॉडज़िला" के लिए भारी बोझ बन गई। बम का समय निर्धारित कर सैन्य अधिकारी बाहर आते हैं। सारे अंडे खराब हो जाते हैं क्योंकि वह बम जल्द ही फट जाता है। इसे देखकर नर और मादा प्राणियों को अपने अंडों की चिंता होने लगती है। और दोनों "गॉडज़िला" को छोड़कर वहाँ भाग जाते हैं। उस विस्फोट से "गॉडज़िला" को लाभ हुआ क्योंकि उस विस्फोट का विकिरण ऊर्जा के रूप में उसके अंदर स्थानांतरित होने लगा। इसका प्रयोग करते हुए उसने अपने मुख से उस ऊर्जा को दोनों प्राणियों पर प्रवाहित किया। अब "गॉडज़िला" मजबूत हो गया था। और वह पूरी ताकत से दोनों प्राणियों से लड़ रहा था। यहां "गॉडज़िला" नर प्राणी को मार देता है। यह देखकर मादा जीव आवेश में आ जाती है। सेना ने उसके अंडों को खराब कर दिया था इसलिए उसके क्रोध का कारण भी वही था। फिर यह फोर्ड की ओर आगे बढ़ता है और "गॉडज़िला" इसे पीछे से पकड़ लेता है। "गॉडज़िला" अपना मुँह खोलकर उसमें से सारी विकिरणें उस प्राणी में डाल देता है। फलस्वरूप अत्यधिक पीड़ा सहकर उसकी मृत्यु हो जाती है। फोर्ड भी बुरी तरह घायल हो गया लेकिन सैन्य अधिकारी उसे चिकित्सा सहायता प्रदान करने के लिए ले गए। अगले दिन, "गॉडज़िला" दृश्य पर आती है। लोग इसे मरा हुआ समझ रहे थे. थककर "गॉडज़िला" आँखें बंद करके लेट गई। जागने पर वह समुद्र में जाने के लिए चलने लगता है। दरअसल, यह यहां किसी को नुकसान पहुंचाने नहीं आया था। उसे केवल उन भयानक प्राणियों के प्रति द्वेष है। अब यह उन्हें मारकर समुद्र में लौट आता है। यह दिखाया गया है कि फोर्ड भी अपनी पत्नी और बेटे के पास वापस चला गया था। सब कुछ न्यायसंगत हो जाता है और फिल्म भी इसी के साथ पूरी होती है।