फिल्म की शुरुआत में हम 'टिम' नाम के एक लड़के को देखते हैं। वह अपने पिता के साथ अस्पताल में थे क्योंकि उनके पिता बहुत बीमार थे। टिम के पिता की हालत बहुत ख़राब थी. उनके पास दुनिया में बहुत कम समय बचा था. उनका कहना है कि मुझे मेरा बेटा चाहिए. मेरी आखिरी इच्छा है कि आप संगीतकार बनें क्योंकि टिम के पिता भी संगीतकार थे। उन्हें संगीत बहुत पसंद था. साथ ही उनका ये भी मानना था कि संगीत से इंसान सबकुछ पा सकता है और टिम में भी ये क्षमता थी. वह संगीत के बारे में भी थोड़ा-बहुत जानते थे। अब जब टिम के पिता की मृत्यु हो गई तो कुछ महीनों के बाद टिम ऑस्ट्रिया चला गया क्योंकि वहां एक संगीत विद्यालय था। उनके पिता को बहुत से लोग जानते थे. इसलिए उसे आसानी से स्कूल में दाखिला मिल जाता है. ट्रेन में टिम की मुलाकात एक लड़की से भी होती है जिसका नाम सोफी था। वह भी उसी स्कूल में जा रही थी जहाँ टिम जा रहा था। सोफी ने भी वहां एडमिशन ले लिया. वह संगीतकार भी बनना चाहती थीं। अब वे दोनों ट्रेन में संगीत सुनते-सुनते सो जाते हैं। जब उनकी आंख खुली तो दोनों ऑस्ट्रिया पहुंच चुके थे। वहां उसका परिचय प्रिंसिपल से हुआ जो बहुत बुरा इंसान था। यहां उन्होंने टिम के पिता की खूब तारीफ की कि वह बहुत अच्छे संगीतकार थे। टिम ने उनसे यह भी कहा कि मैं गाने भी गाता हूं और वह पहले ही पियानो सीख चुके हैं. अब टिम को उसके शिक्षक से मिलवाया गया जो उसे अपने कमरे में ले गया। वहां उसकी मुलाकात अपने रूममेट से होती है जिसके साथ टिम रहने वाला था। लेकिन टिम के रूममेट को उसे देखना बिल्कुल भी पसंद नहीं था क्योंकि लड़का अकेला रहता था लेकिन अब उसे टिम के साथ रहना था। खैर, बाद में वह ठीक हो गया और टिम को स्कूल भी ले गया। वह उसे वहां की हर चीज के बारे में बताता है। तभी अचानक एक लड़का सामने आया और टिम के रूममेट को मारने लगा. और वो टिम से ये भी कहते हैं कि इस शख्स से दूर रहो. वह आपके योग्य नहीं है. टिम को ये सब बहुत अजीब लग रहा था. टिम का रूममेट उससे कहता है कि मैं इस लड़के से बहुत परेशान हूं लेकिन मैं कुछ नहीं कर सकता क्योंकि उसके पिता बहुत बड़े गायक हैं। मुझे भी उस लड़के के बारे में बहुत बुरा लगता है लेकिन हम कुछ नहीं कर पाते. अब अगले दिन स्कूल के प्रिंसिपल ने सभी को हॉल में इकट्ठा किया और सभी को टिम से मिलवा रहे थे। उनका कहना है कि वह हमारे स्कूल का नया छात्र है. सबके सामने प्रिंसिपल टिम को गाना गाने के लिए कहते हैं। ये सुनकर टिम थोड़ा डर गए क्योंकि उनके पास पहले से कोई तैयारी नहीं थी. प्रिंसिपल का कहना है कि इसमें तैयारी की क्या जरूरत है? आपको अपनी आवाज का इस्तेमाल करके गाना होगा. तो तुम क्यों डरे हुए हो? और मुझे नहीं लगता कि एक अच्छा संगीतकार एक अच्छा गायक होता है, इसलिए ज्यादा मत सोचो और गाना गाओ। टिम ने अब सबके सामने गाना शुरू कर दिया जो बहुत अच्छा गाना था लेकिन प्रिंसिपल को यह पसंद नहीं आया। उनका कहना है कि ये हमारे सिद्धांतों के खिलाफ है. आपको ये गाना नहीं गाना चाहिए था. अब आपके सामने दो कहानियां घटने वाली हैं. एक ये स्कूल और दूसरा जादुई दुनिया. टिम को बचपन से ही कहानियाँ पढ़ने का बहुत शौक था। एक दिन वह एक कहानी पढ़ रहा था जिसका नाम था जादुई बांसुरी। जो इस फिल्म का नाम भी है. जिसमें हर कहानी की तरह एक राजकुमार था जिसे राजकुमारी को बचाना था. आज रात भी टिम वही कहानी पढ़ रहा था। तब उसे प्रकाश दिखाई देता है। जैसे ही वह उस रोशनी का अनुसरण करता है, वह एक पुस्तकालय में जाता है जहां वह एक खाली जगह पर एक किताब रखता है। तभी वहां एक रास्ता खुल गया. वहाँ प्रकाश की रंग-बिरंगी गेंदें थीं जो उसके चारों ओर घूम रही थीं। वह टिम से कहती है कि अगर तुम्हें जादुई दुनिया में जाना है तो तुम्हें एक कहानी का हिस्सा बनना होगा। और फिर जो भी खतरे आएंगे, तुम्हें उनका सामना करना होगा. यदि नहीं तो आप इस विद्यालय में रह सकते हैं। टिम को यह निर्णय लेना पड़ा। वह अपने लिए जादुई दुनिया चुनता है। प्रकाश के इन गोलों को बताते ही वह अचानक एक अजीब दुनिया में पहुंच जाता है। शायद यह एक जादुई दुनिया थी. चारों ओर रेगिस्तान था. टिम थोड़ा आगे गया तो उसके सामने एक बहुत बड़ा सांप आ गया जो टिम पर हमला करने वाला था. लेकिन किसी तरह वह इससे दूर हो जाता है. तभी उसके सामने एक बड़ा सा सांप आ जाता है. टिम को पता था कि ये एक जादुई दुनिया है और इस कहानी में संगीत का भी जिक्र है. तो टिम उस सांप को भगाने के लिए गाना गाना शुरू कर देता है. लेकिन सांप पर इसका कोई असर नहीं होता. टिम उस मांद से भागने लगता है। तभी उसका पैर फिसल गया. वह वहीं गिरकर बेहोश हो जाता है।
अब वहाँ तीन जादूगर थे जिन्होंने अपने जादू से उस साँप को सुला दिया था। अब क्योंकि टिम भी इस कहानी का हिस्सा बन चुका था तो जादूगर उसे अपने साथ ले जा रहे थे. वे थोड़ी दूर जाते हैं और टिम को छोड़ देते हैं। तभी वहां एक आदमी आता है जो वहां के राजा के लिए पक्षी पकड़ता था। जब टिम को होश आता है और वह उस आदमी को देखता है तो अब उसे लगता है कि शायद उसने उसकी जान बचा ली है। अब जो आदमी पक्षियों को पकड़ रहा था वह सोच रहा था कि टिम कोई राजकुमार है। टिम उस आदमी से पूछता है, क्या तुमने मेरी जान बचाई है? जिस पर वह कहता है, हां, मैंने तुम्हारी जान बचाई है। तो क्या आप इसके बदले में मुझे कोई नाम बता सकते हैं? जब जादूगरों ने सुना कि टिम एक राजकुमार है, तो वह वापस आई और बोली कि राजकुमार, हम वर्षों से आपका इंतजार कर रहे हैं और अब आपको हमारी रानी से मिलना होगा। जो आदमी पक्षियों को पकड़ता था वह बार-बार इधर-उधर बातें कर रहा था और अपना मुँह बंद नहीं कर रहा था। तो जादूगरों ने उस आदमी के मुँह पर जादू कर दिया और उसका मुँह बंद कर दिया। जब टिम यहां आये तो उन्हें पता चला कि रानी एक जादूगरनी भी थी. वह अपनी बेटी को एक बुरे आदमी के पास ले गयी जो नगर के राजा का सिपाही था। वह टिम से मदद मांगती है और कहती है कि देखो, तुम एक राजकुमार हो, इसलिए तुम्हें मेरी मदद करनी होगी। आपको जाकर मेरी बेटी को उस आदमी से वापस लाना होगा। अब टिम भी सहमत हो गया और जाने के लिए तैयार था। इस सफर में उनका साथी और जादुई बांसुरी भी यही कहती है कि ये चीजें हर मुसीबत में आपकी मदद करेंगी. अब उन्हें उस आदमी, उस सैनिक के पास जाना था, जिसने रानी की बेटी का अपहरण कर लिया था। जैसे ही टिम अपनी यात्रा शुरू करता है, उसे पीछे से एक आवाज़ सुनाई देती है। वह जादुई दुनिया से अचानक अपनी असली दुनिया में वापस आ गया। मतलब यह कि जिस दुनिया से टिम जादुई दुनिया में गया था, उसी लाइब्रेरी में जाने का एक समय आ गया था। अगर टिम को दोबारा जाना होता तो उसे अगली रात का इंतज़ार करना पड़ता। खैर, अपनी दुनिया में लौटने के बाद उन्होंने इसके बारे में किसी को नहीं बताया और अपनी संगीत की कक्षाएं लेना शुरू कर दिया। वह असल दुनिया में अपनी दोस्त सोफी से भी मिलता है। जब रात हो जाती है तो वह रात को फिर से लाइब्रेरी में जाता है और किताब को अपनी जगह पर रख देता है। फिर वह फिर उसी कहानी यानी जादू की दुनिया में पहुंच गया. जिस सैनिक ने वहां की रानी की बेटी का अपहरण किया था, वह अब भी उसके साथ बुरा व्यवहार करता है। वैसे भी टिम जादू की दुनिया में पहुँच चुका था। उसका साथी अब उसी स्थान पर आता है जहां सैनिक ने रानी की बेटी का अपहरण कर लिया था। टिम का साथी यहां आता है और रानी की बेटी से कहता है, डरो मत, तुम्हारी मां ने मुझे यहां इसलिए भेजा है ताकि मैं तुम्हें यहां से बचा सकूं। अब वह जल्दी से रानी की बेटी को बचा लेता है जो अब तक रानी की बेटी का पीछा कर रही थी। जब वह यहां से भागता है तो उसे रास्ते में टिम मिलता है। वे सभी अब रानी की बेटी को बचाकर यहां से जाने वाले थे। तभी सिपाही ने आकर अपने साथियों के साथ उसे चारों तरफ से घेर लिया। यहां टिम का साथी उसी म्यूजिक बॉक्स को बचाता है जो उसे जादूगरों ने दिया था। वहां सिपाही और उसके सभी साथियों को टिम के साथियों ने घेर लिया। तभी राजा भी आ जाता है. सभी लोग उनके सामने नतमस्तक हो गये। राजा पूछता है कि यहाँ क्या हो रहा है? जिस पर रानी की बेटी राजा से कहती है कि आपके सैनिक ने मेरा अपहरण कर लिया था और मुझे अपना गुलाम बना लिया था और ये दोनों आदमी मुझे बचाने आये हैं। यह सब सुनकर राजा को बहुत क्रोध आता है। वह अपने सैनिक पर क्रोधित हो जाता है और रानी की बेटी से कहता है कि अब तुम्हें खुद को बचाने के लिए कुछ परीक्षा देनी होगी। राजा के आदेश पर राजा के सैनिकों ने टिम और उसके साथी के चेहरे पर कपड़ा डाल दिया। लेकिन ठीक उसी समय टिम अपनी दुनिया में वापस आ जाता है क्योंकि समय ख़त्म हो चुका था। लेकिन फिर भी वह अपनी दुनिया में नहीं आता और किसी को नहीं बताता. इधर टिम का रूममेट उससे बहुत नाराज था क्योंकि टिम हर दिन आधी रात को बिना कुछ बताए कमरे से बाहर चला जाता था। लेकिन टिम अब भी उसे कुछ भी बताने को तैयार नहीं था. टिम टिम के कमरे में आया जो यहां के नियमों के खिलाफ था क्योंकि कोई भी लड़की किसी लड़के के कमरे में नहीं जा सकती थी। जब वह टिम के पास आने की कोशिश करती है तो टिम को याद आता है कि अब कहानी की दुनिया में जाने का समय हो गया है। वह सोफी को बिना कुछ बताए वहीं छोड़ देता है और वहां से चला जाता है और लाइब्रेरी में आ जाता है और उस दरवाजे से फिर जादू की दुनिया में पहुंच जाता है।
उसने जाकर देखा तो वहां रानी की बेटी नहीं थी। टिम अब राजा से कहता है कि मुझे आने में देर हो गयी। राजा कहते हैं नहीं, आपने देर नहीं की, आपको बस एक परीक्षा पास करनी होगी जिसके बाद आप रानी की बेटी को अपने साथ वापस ले जा सकते हैं। यदि तुम बहुत देर तक बात नहीं करोगे तो तुम्हारी मुलाकात रानी की बेटी से करा दी जायेगी। अब टिम और उसके साथी को एक विशेष स्थान पर ले जाया गया जहां उनके चारों ओर सैनिक थे। उन्हें यहां बिल्कुल खामोश रहना पड़ा. उन्हें कब तक चुप रहना पड़ा? और फिर वह वहीं गिरकर बेहोश हो गया. वहां हमें रानी की बेटी दिखाई गई है जो फिर से सैनिक की हिरासत में थी। तभी उसकी मां वहां आती है जो अपनी बेटी से पूछती है कि क्या वह राजकुमार तुम्हारे पास नहीं आया था जिसे मैंने तुम्हें बचाने के लिए भेजा था और तुमने अपना काम क्यों नहीं किया? यहां हमें पता चला कि रानी एक चालाक महिला थी। दरअसल, उसने राजा को मारने के लिए अपनी बेटी को यहां भेजा था ताकि वह जीवन भर अमर रहे। वह केवल अपनी बेटी का उपयोग कर रही थी। अब रानी अपनी बेटी से यह सब कहती है और अपना काम पूरा करने के लिए निकल जाती है। लेकिन कक्ष के बाहर सिपाही ने रानी की सारी बातें सुन ली थी और जाकर अपने राजा को इन सबके बारे में चेतावनी दी कि राजा की जान खतरे में है। अब जब राजा यह सब जानने के लिए रानी की बेटी के पास आता है तो वह सच बता देती है और बाद में इधर-उधर टिम को ढूंढने लगती है। टिम उससे मिलने गया था लेकिन वह किसी से बात नहीं कर सका क्योंकि राजा ने उसे ऐसा करने के लिए कहा था। टिम उससे बहुत बात करने की कोशिश करता है लेकिन टिम कुछ नहीं कहता इसलिए वह वहां से चली जाती है। दिए गए समय के बाद, टिम को रिहा कर दिया गया क्योंकि उसने अपना परीक्षण पास कर लिया था। एक बार फिर टिम अपनी दुनिया में वापस आ गया। इस बार उसे पता चला कि सोफी को स्कूल से निकाल दिया गया है क्योंकि उसने स्कूल के नियम तोड़े थे। वह जल्दी से सोफी से मिलने जाता है लेकिन वह उससे मिलने से इंकार कर देती है क्योंकि वह उससे नाराज थी क्योंकि टिम उसे कुछ नहीं दे पा रहा था। टिम उसे समझाने की कोशिश करता है कि देखो, अगर हमें हमेशा साथ रहना है तो मुझे वह कहानी खत्म करनी होगी। लेकिन सोफी को इस बारे में कुछ भी पता नहीं था, इसलिए वह उसकी किसी भी बात पर विश्वास नहीं करती। अब वह अपने रूममेट के पास जाता है और उसे अपनी सारी कहानियाँ बताता है कि कैसे वह जादू और जादू की दुनिया में फँस गया है और यहाँ तक कि जादुई बाँसुरी के बारे में भी। लेकिन यहां उसका रूममेट भी उस पर विश्वास नहीं करता. बहरहाल, टिम उसी कहानी की दुनिया में वापस चला जाता है। इस बार उसे पता चला कि रानी सब कुछ नष्ट करने जा रही थी। वह राजा की सरकार को ख़त्म करना चाहती थी. इसीलिए उसने इस दुनिया में अपना काला जादू किया था। केवल टिम यानी इस कहानी की राजकुमारी ही सब कुछ ठीक कर सकती थी। वह रानी की बेटी से मिलता है और उस जमीन पर रास्ता बनाता है जहां से चारों ओर आग लगाई गई थी। टिम अपनी जादुई बांसुरी भी बजाता है जिससे अब दोनों पानी में गिर जाते हैं. इस कहानी को पूरा करने के लिए टिम को किसी भी कीमत पर रानी की बेटी को बचाना था, जो एक राजकुमारी थी। अब राजकुमारी को बचाना मुश्किल था, लेकिन किसी तरह टिम ने राजकुमारी को बचा लिया था। रानी का काला जादू ख़त्म हो गया। राजा के नगर में शांति है। और अंततः यहां की राजकुमारी को रानी की बेटी बना दिया गया। कहानी पूरी हुई क्योंकि एक राजकुमार ने राजकुमारी को अंधेरी दुनिया से बचाया था। टिम जादू की दुनिया में सभी को अलविदा कहता है और अपनी वास्तविक दुनिया में लौट आता है। अब उसे अपना प्यार बचाना था. सोफी चली गई थी. टिम तेजी से स्टेशन की ओर भागता है। उसने सोचा कि वह चली गई है लेकिन उसने उसे वहां पाया था। वे एक दूसरे को गले लगाते हैं. टिम ने वास्तविक दुनिया और जादुई दुनिया दोनों जीत ली थी। और इसी के साथ इस फिल्म की कहानी यहीं खत्म हो जाती है.